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論文（査読あり）

29. 北尾圭梧・難波拓登・井藤大樹（2023）徳島県初記録のクチサケハゼ．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 38: 8-11．

28. 北尾圭梧・井藤大樹（2023）徳島県吉野川水系鮎喰川から得られた国内外来種ムギツクとその分布状況．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 29: 14-19．

27. 井藤大樹・庄野耕生（2023）高知県貝ノ川川で採集された分布北限記録のルリボウズハゼ．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 28: 26-31．

26. 井藤大樹・庄野耕生・瀬能　宏（2023）徳島県から得られた分布北限記録となるヨウジウオ科の稀種ホシイッセンヨウジ．魚類学雑誌, 70（1）：119-124．

25. 井藤大樹・難波拓登・庄野耕生（2021）徳島県初記録のナンヨウボウズハゼ．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 15: 10-16．

24. 井藤大樹・奥村大輝（2021）徳島県初記録のナンセンハゼとイチモンジミミズハゼ．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 12: 1-7．

23. Ito, T., K. Hoshino and K. Hosoya (2021) Osteology of Hemigrammocypris neglecta (Teleostei: Cypriniformes) with comments on its systematic position. Zootaxa, 4995 (1): 147-160.

22. 奥村大輝・井藤大樹・乾　隆帝（2021）徳島県南部の3河川で得られたイドミミズハゼ（スズキ目：ハゼ科）の記録．四国自然史科学研究, （14）:12-18．

21. 井藤大樹（2021）香川県小豆島から得られたタネハゼ（スズキ目：ハゼ科）．四国自然史科学研究, （14）:7-11．

20. 中島　淳・西村俊明・井藤大樹・宮崎淳一・大井和之・平川周作（2021）福井県嶺北地方で発見されたナガレホトケドジョウの新たな地域集団．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 6: 33-37．

19. 井藤大樹・乾　隆帝・佐藤陽一（2020）徳島県立博物館所蔵標本からみた瀬戸内海における希少魚イドミミズハゼの分布と形態．地域自然史と保全，42（2）：101–112．

18. 井藤大樹・奥村大輝（2020）徳島県から得られたアマハゼInu ama（Gobiidae）．日本生物地理学会会報，75：81–84．

17. 井藤大樹・乾　隆帝・奥村大輝（2020）徳島県海部川から得られた地下水性ミミズハゼ属（Perciformes: Gobiidae）の形態と生息環境．日本生物地理学会会報，75：18–24．

16. 田中和大・井藤大樹・細谷和海（2020）環境教育における骨格標本用教材としてのブラックバス．環境教育，29（3）：49–56．

15. Ito, T., K. Hosoya and J. Miyazaki (2019) Lefua tokaiensis, a new species of nemacheilid loach from central Japan (Teleostei: Nemacheilidae). Ichthyological Research, 66: 479–487.

14. 芹澤如比古・中村誠司・加藤 将 ・志賀 隆・山ノ内崇志・首藤光太郎・坪田和真・緑川昭太郎・上嶋崇嗣・渡邉 亮・井藤大樹・中村高志・山本真也・芹澤(松山)和世（2019）富士北麓、河口湖における水草・車軸藻類と湿生植物の分布状況- 2017 年-．富士山研究，13：17–27．

13. Hosoya, K., T. Ito, and J. Miyazaki (2018) Lefua torrentis, a new species of loach from western Japan (Teleostei: Nemaheilidae). Ichthyological Exploration of Freshwaters, 28: 193–201.

12. 井藤大樹・川瀬成吾（2018）標本情報から見た琵琶湖・淀川水系におけるかつてのヌマムツの生息状況とその変化．地域自然史と保全，40 (1): 3–11.

11. Ito, T., T. Fukuda, T. Morimune and K. Hosoya (2017) Evolution of the connection patterns of the cephalic lateral line canal system and its use to diagnose opsariichthyin cyprinid fishes (Teleostei, Cyprinidae). Zookeys, 718: 115–131.

10. Ito, T. and K. Hosoya (2017) Re-examination of the syntypes of Candidia barbata (Teleostei: Cyprinidae). Ichthyological Research, 64: 256–260.

9. 井藤大樹・村上　亘・堀井裕一・小橋興次・横井智之（2017）岡山県赤磐市の棚田環境における灌漑期・非灌漑期の水生動物相とその消長．日本生物地理学会会報，71: 283–293.

8. 井藤大樹・北川哲郎・朝隈良一・池ヶ谷健吾・細谷和海（2016）奈良県生駒市の溜め池で採集された国内外来魚オヤニラミ．地域自然史と保全，38: 109–113.

7. Ito, T. and K. Hosoya (2016) Re-examination of the type series of Parazacco spilurus (Teleostei: Cyprinidae). FishTaxa, 1: 89–93.

6. Ito, T., S. Kawase and K. Hosoya (2016) Morphological characteristics of a piscivorous cub, Opsariichthys uncirostris uncirostris (Teleostei: Cyprinidae), inhabiting Lake Mikata, Fukui prefecture, Japan. Biogeography, 18: 53–58.

5. Ito, T., K. Tanaka and K. Hosoya (2015) Geographical variations in morphological characters of the fluvial eight-barbel loach, Nagare-hotoke-dojo (Cobitidae: Nemacheilinae). Biogeography, 17: 43–52.

4. 井藤大樹・細谷和海（2013）香川県小豆島における淡水魚類相と現状．地域自然史と保全，35: 141–148.

3. 山野ひとみ・増田　茂・北川哲郎・武内啓明・川瀬成吾・野口亮太・小西雅樹・田中大喜・森下　匠・池田昌史・井藤大樹・乾　偉大・小田優花・細谷和海（2013）福井県中池見湿地に生息する淡水魚類．地域自然史と保全，35: 53–60.

2. Ito T., Y. Horii and T. Yokoi（2012）Late season biodiversity of aquatic fauna in paddies and irrigation ponds of Okayama Prefecture. Biogeography, 14: 1–10..

1. 井藤大樹・細谷和海（2011）小豆島における絶滅危惧種ナガレホトケドジョウの生息現況（予報）．日本生物地理学会会報，66: 235–241.

紀要・研究報告（内部査読あり）

9. 井藤大樹・奥村大輝・古川　学・庄野耕生・日　美由紀・上田悠哉・池端伸悟・乾　隆帝・佐藤陽一（2024）徳島県伊勢田川の魚類相．徳島県立博物館研究報告，343：41–64．

8. 古川　学・井藤大樹・佐藤陽一（2023）徳島県吉野川から得られたアカメの幼魚．徳島県立博物館研究報告，33：71–74．

7. 井藤大樹・奥村大輝・古川　学・庄野耕生・日　美由紀・上田悠哉・池端伸悟・奥村芽衣・佐藤陽一（2023）徳島県の園瀬川水系で確認された魚類．徳島県立博物館研究報告，33：13–33．

6. 国松翔太・井藤大樹（2021）徳島県立博物館所蔵標本からみた徳島県におけるシマヒレヨシノボリの分布．徳島県立博物館研究報告，31：53–58．

5. 奥村大輝・井藤大樹・平石成伸（2021）徳島県から得られたオチョコナガミミズハゼ（スズキ目：ハゼ科）．徳島県立博物館研究報告，31：49–52．

4. 井藤大樹・古川　学（2021）徳島県那賀川水系から得られたイワナとアマゴの交雑個体．徳島県立博物館研究報告，31：43–48．

3. 井藤大樹・奥村大輝・佐藤陽一（2020）穴吹川（吉野川水系）の魚類相～2019年度調査～．徳島県立博物館研究報告，30：53–66．

2. 井藤大樹・田中和大・小田優花・細谷和海（2015）環境教育における解剖実験用教材としてのブラックバスの利用．近畿大学農学部紀要，48: 50–58.

1. 井藤大樹・今田彩乃・石田孝信・水出千尋・細谷和海（2013）近畿大学棚田ビオトープにおける水生動物相－棚田における生息場所間の比較－．近畿大学農学部紀要，46: 81–89.

その他論文等（査読なし）

11. 鎗田めぐ・山川宇宙 ・小藤美樹・井藤大樹・清水孝昭（2023）．徳島県那賀川におけるカマヒレマツゲハゼの記録．南予生物フィールドノート，（2023）：23011．

10. 山川宇宙 ・鎗田めぐ・水野晃秀・井藤大樹・清水孝昭（2023）．愛媛県伊方大川で採集されたテンジクカワアナゴ．南予生物フィールドノート，（2023）：23007．

9. 山川宇宙 ・鎗田めぐ・水野晃秀・井藤大樹・清水孝昭（2023）．愛媛県伊方大川で採集されたオカメハゼ．南予生物フィールドノート，（2023）：23006．

8. 井藤大樹・乾　隆帝・佐藤陽一（2022）．徳島県におけるカワアナゴ属魚類2種の記録．南紀生物，64（2）：155–159．

7. 井藤大樹・乾　隆帝（2021）．香川県小豆島から採集されたイドミミズハゼ．南紀生物，63（1）：42–45．

6. 竹内　基・柿野　亘・染谷　聖・塩練元輝・吉田　誠・島津隆盛・井藤大樹・金子誠也・横井謙一（2021）青森県西部屏風山池沼群における「モニタリングサイト1000」淡水魚類調査で得られた新知見．青森自然誌研究，（26）：123–139．

5. 井藤大樹・有田忠弘・佐藤陽一（2020）徳島県海部郡海陽町の大里海岸に漂着したハチワレ（ネズミザメ目：オナガザメ科）の記録．南紀生物，62（1）：63–66．

4. 西　栄二郎・伊東眞由子・平野幸希・森田　遥・井藤大樹・梶原直人・浜口昌巳（2018）多毛鋼ケヤリムシ科モバケヤリムシの瀬戸内海中津干潟からの記録．南紀生物，59 (2): 179–180.

3. 井藤大樹（2017）源流の名脇役“カワムツ”．森と水の源流館機関誌ぽたり，37・38: 7–8.

2. 山野ひとみ・北川哲郎・井藤大樹（2016）雑魚の手触りに関する雑考．ボテジャコ，20: 9–11.

1. 井藤大樹・小田優花・北川哲郎（2014）2014年国際魚類自然史研究会参加報告．魚類学雑誌，61: 134–137.

著書

3. 阿波魚類研究会（監修・編集：井藤大樹）（2021）コウノトリ生息エリアの魚類図鑑．特定非営利活動法人とくしまコウノトリ基金．

2. 井藤大樹（2019）オイカワ，ハス．シーボルトが見た日本の水辺の原風景．東海大学出版部．

1. 佐藤拓哉・井藤大樹（2016）ヤマトイワナ（キリクチ）．大切にしたい奈良県の野生動植物 奈良県版レッドデータブック 2016年改訂版．奈良県くらし創造部景観・環境局．

学会・シンポジウム等における発表および講演

22. 井藤大樹・洲澤　譲・佐藤陽一．徳島県立博物館に収蔵されている水野信彦コレクション．第47回四国魚類研究会．高知，2024年3月（口頭）．

21. 井藤大樹．日本動物誌における魚類図版の問題点Ⅰ：オイカワに見られるカワムツの特徴．日本魚類学会年会（シンポジウム：シーボルト魚類標本と江戸参府紀行）．長崎，2023年9月（口頭）．

20. 井藤大樹・乾　隆帝・佐藤陽一．徳島県立博物館所蔵標本からみた瀬戸内海における希少魚イドミミズハゼの分布と形態．地域自然史と保全研究大会2023．大阪，2023年2月（口頭）．

19. 井藤大樹．ナガレホトケドジョウ斑紋型と無斑型の分布．日本魚類学会年会（シンポジウム：ホトケドジョウ学事始め～ホトケドジョウ属魚類の進化・生態・保全をめぐって～）．ウェブ大会，2021年9月（口頭）．

18. 井藤大樹．ホトケドジョウ属魚類をめぐる近年の分類事情．日本魚類学会年会（シンポジウム：ホトケドジョウ学事始め～ホトケドジョウ属魚類の進化・生態・保全をめぐって～）．ウェブ大会，2021年9月（口頭）．

17. 井藤大樹．コイ科ハス類の形態的多様性とその進化．第46回四国魚類研究会．徳島，2019年3月（口頭）．

16. 細谷和海．井藤大樹・宮崎淳一．ナガレホトケドジョウの研究から魚類の種を考える．第67回魚類自然史研究会．大阪，2018年9月（口頭）．

15. 井藤大樹．ハスおよびチョウコウハスにみられる頭部側線系完成の遅滞．第61回魚類自然史研究会．東京，2015年11月（口頭）．

14. 井藤大樹・細谷和海．コイ科ハス類における属分類．日本魚類学会年会．奈良，2015年9月（口頭）．

13. 中野修一・井藤大樹・細谷和海．ホトケドジョウとナガレホトケドジョウの眼球微細構造の比較．日本魚類学会年会．奈良，2015年9月（口頭）．

12. 井藤大樹．カワバタモロコのルーツと適応進化．生駒市．奈良，2015年5月（講演）．

11. 井藤大樹．里地・里山の淡水魚オイカワ類の分類と多様性．筑波大学．茨城，2015年1月（講演）．

10. 井藤大樹・田中和大・細谷和海．ナガレホトケドジョウにおける形態形質の地理的変異．日本魚類学会年会，神奈川，2014年11月（ポスター）．

9. Ito T. Function and evolution of the quadrate-pterygoid fenestra among the opsariichthine fishes. International natural history of fish conference. Korea, August, 2014 (Poster).

8. 小田優花・井藤大樹・北川哲郎．第59回韓国魚類自然史研究会参加報告．魚類自然史研究会．滋賀，2014年3月（口頭）．

7. 竹本雅則・井藤大樹・細谷和海．ナガレホトケドジョウとトウカイナガレホトケドジョウの形態的差異．魚類自然史研究会．滋賀，2014年3月（口頭）．

6. Ito T., T. Morimune, K. Hosoya. Osteology and taxonomy of the opsariichthine cyprinid fishes. 9th Indo-Pacific Fish Conference. Okinawa, June, 2013 (Oral).

5. 井藤大樹．香川県小豆島における淡水魚類相 2．関西自然保護機構大会．大阪，2013年3月（口頭）．

4. 井藤大樹・細谷和海．香川県小豆島における淡水魚類相 1．魚類自然史研究会．兵庫，2013年3月（口頭）．

3. 井藤大樹・細谷和海．骨格的特徴からみたハス属魚類の進化傾向．魚類自然史研究会．福井，2012年10月（口頭）．

2. 井藤大樹・細谷和海．香川県小豆島におけるナガレホトケドジョウの生息現況．魚類自然史研究会．滋賀，2011年10月（口頭）．

1. 井藤大樹・星野和夫・武内啓明・細谷和海．形態形質から見たカワバタモロコとヒナモロコの類縁関係．日本魚類学会年会．青森，2011年9月（口頭）．